转基因作物对环境、生态、人类等的影响是极其复杂的，由于无法预测将基因转入一个新的遗传背景中会产生什么样的作用，转基因作物及其产品的安全性问题一直处于争论状态。 
　　凡是允许在中国销售的转基因食品，都要通过国家农业部转基因办公室、专家委员会和相关检验机构的严格评审、检测，已经通过安全性评价的转基因食品，由国家农业部颁发安全合格证书后，方能投入进行食品加工。 
　　我们吃的任何东西都是由成千上万基因组成，传统品种改良通过杂交，实际也是基因的交换。杂交是在染色体水平上的基因交换，而基因技术是定向改造生物，跟杂交育种没有本质区别，但是效率更高了。 
　　但转基因作物确有可能造成原有的生态平衡破坏，改变物种间的竞争关系和生物多样性等，这已经在其它国家如澳大利亚等发生了。转基因作物作为外来品种进入自然生态系统，往往具有较强的“选择优势”，可能会影响植物基因库的遗传结构，淘汰原来栖息地上的物种及其它遗传资源，致使物种呈单一化趋势，造成生物数量剧减，甚至会使原有物种灭绝，导致生物多样性的丧失。 
　　而转基因食品可能导致的过敏反应、人和动物对抗生素的抗药性、毒性等问题，目前都只是少数短期动物实验结论，并且某些实验的严密性也遭到质疑。目前还没有发现转基因食品不利于人体健康的实质性证据，也没有出现因此引发的食品安全纠纷。 
　　目前，转基因作物的生态安全及其相关食品的消费安全问题，在科学上暂时难以给出定论。为了防止转基因作物对环境和人体造成的不良影响，许多国家先后建立了符合本国实际的生物安全管理政策和评价体系。新技术是发展趋势，但人对新技术的应用方式造成的社会及经济问题比技术本身对人类的影响更大。转基因作物同样如此，目前，转基因作物带来的经济问题、甚至国民经济命脉掌控权问题等比其本身对人体的影响更为严峻。